A un Mario Conde a punto de cumplir sesenta años, y que se siente más en crisis y más escéptico que de costumbre con su país, le llega de manera inesperada un encargo de un antiguo amigo del instituto, Bobby, que le pide ayuda para recuperar la estatua de una virgen negra que le han robado. Conde descubre que esa pieza es mucho más valiosa de lo que le han dicho, y su amigo tiene que confesarle que proviene de su abuelo español, que, huyendo de la Guerra Civil, la trajo de una ermita del Pirineo catalán. En los bajos fondos de La Habana, Conde da con un sospechoso al que acaban matando. Con el asesinato de otro cómplice, Conde descubre una inesperada trama de galeristas y coleccionistas extranjeros interesados en la talla medieval, y se tropieza inevitablemente con la policía de homicidios de La Habana. Pero, en capítulos intercalados, La transparencia del tiempo también cuenta la epopeya a lo largo de los siglos de la estatua, una virgen negra traída de la última cruzada a una ermita del Pirineo por un tal Antoni Barral, y será otro Antoni Barral quien la salve y se vea obligado a embarcar como polizón rumbo a La Habana.
